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水晶按颜色可分为不同的宝石品种:水晶、紫水晶、黄玉、烟熏水晶、芙蓉(粉红水晶)等;根据特殊的光学效果，可分为星水晶、石英猫眼;根据包涵体的特点，可分为毛晶、水胆晶等。
1. 紫水晶
铁晶体一种成分中含有少量铁的紫色晶体辐照后，铁离子的电子壳层中一对电子中的一个被激发，生成空穴色心FeO4。该空穴主要产生于可见光550nm处。被吸收，使晶体产生紫色。紫水晶的色心在加热或暴露在阳光下会被破坏和褪色。
2. 黄水晶
一种黄色晶体，其成分中含有微量铁、铁和结构水H2O。其颜色可能与晶体中二价铁离子有关，常见的颜色有浅黄色、黄色、金黄色、棕黄色和橙黄色。多色性可以有浅黄黄、黄橙黄、黄棕黄共存。黄水晶通常具有高透明度和与紫水晶相同的内部特征。
3、烟水晶
黄水晶一种烟熏到棕褐色的水晶，也被称为黄水晶该组合物中含有少量的铝铝，铝离子取代部分硅离子。经辐照后产生(AlO4)孔色心，使晶体产生烟色。烟熏晶体多色性为浅棕-烟熏棕、棕褐，颜色不均匀。烟晶体加热后会变成无色晶体。
4、芙蓉石
淡红色到玫瑰红的是乌酒，又称粉红水晶(玫瑰水晶)，含有微量的锰锰和钛钛。正常情况下，由于体色较浅，多色性不明显，可以是无色到淡粉色。在某些情况下，木槿石可能含有针状金红石夹杂物，所以研磨的小圆石可以显示星光。木槿花石颜色不稳定，加热后会褪色;长时间暴露在阳光下会褪色。
