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用手去触摸水晶，天然水晶通常温度要比人造水晶的要凉的多；用眼观察，天然水晶通常有棉絮状的包裹体，这个是人造水晶所没有的。天然的水晶一般都会有絮状（绵绺），也就是大家俗称的瑕疵，这是液体水落石出和二氧化碳的小孔穴，而人工合成的水晶就不会有这样的特征。
对于紫水晶黄水晶这样的单色水晶，通常要观察它的二色性，即使是最顶级的紫水晶黄水晶也是有色差的，通过这个方法可以鉴别是否加色。这些是最简单的方法，简单易懂。
水晶是有成色等级之分，影响水晶价位的因素很多，不像钻石以4C就可以判定，所以大家要多听多看多比较才能真正辨别出来。一般的标准是水晶石越大越好，越透越好，颜色越娇嫩越好，形状越典型越好。不过最重要还是自己喜欢，而选购时辨识真伪的方法大致有下列几种：
眼看：天然水晶在形成过程中，会受到外界环境因素的影响，不可能尽善尽美，总含有某些杂质，对着太阳或亮光观察时，可以看到一些淡淡的絮状物或均匀细小的横纹。而假水晶则非常干净，没有这些杂质。
舌舔：天然水晶是清凉的，即使在炎热的夏季，用舌头舔舐水晶的表面，会有一种凉爽的感觉。这是假水晶所没有的。
硬度：天然水晶硬度大，用另外一枚水晶在天然水晶上划过，不会留下痕迹；如果有痕迹，那肯定是假水晶，硬度是无法冒充的。
用偏光镜检查：在偏光镜下转动360度有四明四暗变化的是天然水晶，没有变化的是假水晶。
用二色检查：天然紫水晶有二色性，假水晶没有二色性。
用放大镜检查：用十倍放大镜在透射光下检查，能找到气泡的基本上可以定为假水晶。
用头发丝检查：仅限于正圆形水晶球。将水晶球放在一根头发丝上，人眼透过水晶能看到头发丝双影的，则为水晶球。主要是因为水晶具有双折射性。但是这样无法把天然晶，养晶和熔炼晶区分开来。只能区分玻璃等其他物质。
用热导仪检测：将热导仪调节到绿色4格测试宝石，天然水晶能上升至黄色2格，而假水晶不上升，当面积大时上升至黄色一格。
天然水晶与合成水晶的区别
熔炼水晶（合成水晶）：多采用石英粉，玻璃渣，水晶边角料等制作。熔炼水晶的硬度一般在5.5-6之间，所以它的硬度比水晶低（水晶是7）。
养殖晶：养殖晶是指用天然水晶做种子，然后赋予天然水晶生长的高压条件，养殖器中有富含二氧化硅的分子。然后二氧化硅分子围绕天然水晶种生长，这样的水晶成分（分子式）与天然水晶是一摸一样的，唯一有差别的是，这样的水晶磁场作用没有天然水晶强。
所谓的奥地利水晶其实往往就是铅化玻璃，一般在玻璃里添加铅元素，玻璃的色泽会更好，剔透程度也会更好。
